As comissões processantes não integram a estrutura do NUPAD, pois decorrem diretamente da Lei 9.826/1974. Porém, uma vez que as mesmas são instauradas e/ou presididas pelo Coordenador do NUPAD, tais comissões estão ligadas ao Núcleo, que lhe serve com apoio logístico para suas atividades.

Seguindo o que preceitua a Lei 9.826/1974, as comissões encarregadas de atuar quanto a ilícitos administrativos são a Comissão de Sindicância e a Comissão Permanente de Inquérito.