A coordenação das atividades do NUPAD fica a cargo de um Procurador de Justiça designado pelo Procurador-Geral de Justiça dentre um dos componentes do Colégio de Procuradores de Justiça, a quem incumbe:

• instaurar sindicância e/ou processo administrativo em desfavor de servidor do MP, nomeando a respectiva comissão;
• assinar as notificações e demais expedientes administrativos;
• zelar pela observância aos princípios constitucionais do contraditório e da ampla defesa, no processo administrativo que importar aplicação de penalidade administrativa;
• Encaminhar ao Procurador-Geral de Justiça os autos de sindicância e inquérito administrativo para julgamento;
• Presidir o processo administrativo, salvo quando a lei atribuir o processamento à Corregedoria-Geral do Ministério Público, exercendo todas as atividades necessárias ao bom desenvolvimento dos trabalhos.